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Um estudo em escala proteômica revela como as superfícies plásticas e a agitação promovem a agregação de proteínas

Oct 03, 2023Oct 03, 2023

Scientific Reports volume 13, Artigo número: 1227 (2023) Citar este artigo

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A agregação de proteínas em bioterapêuticos pode reduzir sua atividade e eficácia. Também pode promover reações imunológicas responsáveis ​​por efeitos adversos graves. O impacto dos materiais plásticos na desestabilização das proteínas não é totalmente compreendido. Aqui, propomos desconvolver os efeitos da superfície do material, da interface ar/líquido e da agitação para decifrar seu respectivo papel na desestabilização e agregação de proteínas. Analisamos o efeito das superfícies de polipropileno, TEFLON, vidro e LOBIND na estabilidade de proteínas purificadas (albumina sérica bovina, hemoglobina e α-sinucleína) e em um extrato celular composto por 6.000 proteínas solúveis durante agitação (P = 0,1–1,2 W/ kg). A análise proteômica revelou que as chaperoninas, proteínas intrinsecamente desordenadas e ribossomos eram mais sensíveis aos efeitos combinados das superfícies dos materiais e da agitação, enquanto pequenos oligômeros metabólicos poderiam ser protegidos nas mesmas condições. Observações de perda de proteínas acopladas à microscopia Raman, espalhamento dinâmico de luz e proteômica nos permitiram propor um modelo mecanicista de desestabilização de proteínas por plásticos. Nossos resultados sugerem que a perda de proteína não se deve principalmente à nucleação de pequenos agregados em solução, mas à desestabilização de proteínas expostas às superfícies do material e sua subsequente agregação na interface ar/líquido cortada, um efeito que não pode ser evitado usando LOBIND tubos. Uma orientação pode ser estabelecida sobre como minimizar esses efeitos adversos. Remova um dos componentes desse estresse combinado – material, ar (mesmo que parcialmente) ou agitação – e as proteínas serão preservadas.

O número de terapêuticas baseadas em proteínas está aumentando rapidamente. No entanto, as proteínas são expostas a tensões durante a fabricação, afetando a sua estabilidade. A agregação de proteínas em bioterápicos pode reduzir sua atividade e eficácia, mas também pode promover reações imunológicas responsáveis ​​por efeitos adversos graves, como respostas alérgicas e anafilaxia1.

Várias estratégias foram desenvolvidas para evitar a agregação de proteínas durante o processamento bioterapêutico, controlando cuidadosamente o ambiente e o processo local ou removendo agregados antes da amostragem. Os factores físicos e químicos que determinam a estabilidade das proteínas ou desencadeiam a sua agregação têm sido objecto de investigação nas áreas farmacêutica e bioquímica. Sabe-se que agitação, temperatura, pH e força iônica induzem agregação de proteínas1,2,3.

O efeito dos materiais na estabilidade das proteínas no processamento bioterapêutico tem sido comparativamente menos estudado. Na verdade, o quadro atual tem sido de perda mínima de proteínas por adsorção em superfícies, onde as interações proteína/material resultariam apenas na passivação da superfície sem afetar as proteínas livres restantes em solução. A partir da década de 1970, Leo Vroman demonstrou que a adsorção de proteínas não era um processo estático, mas sim dinâmico, onde as trocas ocorriam na interface líquido-sólido entre proteínas livres e adsorvidas, dependendo da concentração proteica e da afinidade pela superfície. Este modelo pode agora ser completado pela perda parcial da estabilidade da proteína após interações fracas com a superfície e subsequente liberação na solução, um primeiro passo para um efeito remoto de interfaces.

Estudos recentes demonstraram que o efeito desestabilizador das interfaces sólido/líquido na estabilidade da proteína era mais profundo do que se acreditava inicialmente e poderia ser aumentado pela agitação. Os efeitos sinérgicos do fluxo e das superfícies na agregação de anticorpos já foram descritos7,8. Outros estudos enfatizaram o papel das bolhas de ar9,10. Estas observações sugerem que tanto o sólido/líquido, a interface ar/líquido e a agitação são atores-chave quando se considera o efeito de um novo processo ou material durante a produção de bioterapêuticos. No entanto, falta a descrição mecanicista que poderia explicar os processos envolvidos e a interação entre as diferentes interfaces e a agitação na estabilidade da proteína. Além disso, a maioria dos estudos experimentais foi conduzida com proteínas purificadas únicas, o que não pode explicar o papel das interações proteína-proteína quando diferentes proteínas estão envolvidas, a possível associação e dissociação de complexos proteicos nas interfaces e as variações na sensibilidade proteica a esses estresses.

 1 µm) were identified in the protein solutions after wheel rotating agitation in PP tubes. Optical microscopy using reflected light and contour reconstruction with Fiji software were applied to better visualize their shape and structure (Fig. 7A). The size of the objects ranged from a few to tens of micrometers, though no inner structure could be seen./p> 1) (see supporting file proteomic-SI2 for the protein list). Among these proteins, 58 proteins were highly depleted and 31 proteins were highly enriched, taking a threshold of minimum 15% concentration variation after mixing. No significant differences were observed as a function of the material, with most depleted and most enriched proteins observed for all the different types of surfaces. Highly enriched and highly depleted proteins were classified as complexes, oligomers, chaperonins, partially unfolded proteins or IDPs, and others (Fig. 11)./p> 1) or not (BFsim ≤ 1). The depletion of a given protein was assessed using a majority voting decision rule on 100 simulations. Proteins with simulated low abundances (quantities < 5 fmol) were removed in accordance to the LOD and LOQ determined experimentally. The results of the simulation for PP surface are shown in Fig. 12. The line depicts the simulated number of depleted proteins to achieved the target mass loss. For PP surface, to achieve a 15% mass loss, 125 proteins needed to be non selectively depleted, whereas only 58 are in the experiment. Our analysis shows also (supporting information part SF) that about 80% of the depleted proteins identified experimentally by proteomic show a stronger depletion than proteins from the simulated dataset. These two results demonstrate that protein depletions above 15% in the system are not due to a random process but rather to a selective depletion from the extract./p>